PlotHiC 是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法,它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据,PlotHiC[1] 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。
需要提前安装好 python>3.10
# pip install
pip install plothic
# name length
Chr1 24800000
Chr2 44380000
Chr3 63338000
Chr4 81187000
Chr5 97650000
plothic -hic test.hic -chr chr.txt -r 100000
# -hic > .hic file
# -chr > chromosome length (in .hic file)
# -r > resolution to visualization